Attention spoilers !!
Les Asurans, une race puissante de réplicateurs crées par les Anciens 1000 ans auparavant et rencontrés pour la 1ère fois dans "Progeny" ont conquéris Atlantis. Pour les aider, l'équipe de Sheppard appel le général O Neill qui est le seul homme qui peut détruire les Réplicateurs. Mais quand les Asurans prennent le controle de la cité, O Neill est Richard Woosley sont kidnappés.
Sheppard propose de reprogrammer Niam, un réplicateur qui sera succeptible de les aider "voir "Progeny".Après une attaque de l'équipe d'Atlantis pour reprendre le controle de la salle de contrôle, deux Asurans interrogent O Neill et Woosley en plongeant leur mains dans le frond des deux hommes.