3x05 : Progeny (Cet épisode marquera l'arrivée du tout nouvel ennemi de la saison 3 qui lèvera le voile sur les interrogations laissées par l'épisode Virus quand à l'origine des Nanovirus. )
3x06 : The Real World (Cet épisode est la suite de "Progeny" et sera très sombre.
3x07 : Common Ground (Common Ground explorera le passé de certains personnages, notamment celui de Sheppard dans l'armée.)
3x08 : McKay and Mrs. Miller (Nous allons enfin rencontrer Jeannie, la soeur de McKay ! La première partie de l'épisode concernera uniquement ces deux personnages et ils seront sur Terre.)
3x09 : Phantoms