Nouveau spoiler sur le season premiere !
Le Capitaine Alica Vega, une nouvelle arrivée de 28 ans sur Atlantis, discute avec le Colonel Carter a propos du retard de son affectation. Quand la porte des étoiles s'active, les deux se précipitent en bas pour rencontrer le Lieutenant Edison. Edison est de retour en hâte du camp de Michael, où plusieurs membres de l'équipe d'Atlantis sont piégés. Il est revenu pour ramener du renfort et préparer les secours pour son équipe et les autres.
Carter et Vega, rejoints par le Dr. Keller et un détachement, se mette en route vers la planète dans un Jumper camouflé. Ils commencent leur recherche pour leurs disparus comprenant Lorne et McKay, qui se sont retrouvés piégés ensemble sans aucune porte de sortie. Mais l'équipe est surveillé : Michael est à bord d'un croiseur en orbite autour de la planète, scannant leur signaux de vie. Quand il détermine que les Atlantes sont ici et pourraient se rendre utiles, il lance des Dards Wraith pour les capturer.
L'équipe de recherche retourne vers le Jumper pour attendre des renforts, mais il est trop tard pour utiliser la porte des étoiles: les Wraith ont composé l'adresse de la planète, empêchant toute fuite. Maintenant ils sont comme leur amis disparus, et piégés.